Chip-seq 实战分析流程

purplesoul
紫色灵魂 10月10日 字数 709

Chip-seq 实战分析流程http://www.bio-info-trainee.com/2773.html

本次实践是根据Jimmy 和洲更两位大神的笔记,还有Y叔的Chipseeker包,第一次跑Chip-seq流程,主要关注了流程能否跑通,怎么解决自己实践中的Bug。

下面根据我的实践,先介绍下分析流程和跑流程时的注意事项。

Chip-seq 分析流程可以分为两个模块:

前期的准备工作, 包括软件的安装,数据的下载(或是自己测序的数据);

Chip实验和数据获取:

第一步: 将蛋白交联到DNA上。 也就是保证蛋白和DNA能够结合,找到互作位点。

第二步: 通过超声波剪切DNA链。

第三步: 加上附上抗体的磁珠用于免疫沉淀靶蛋白。抗体很重要

第四步: 接触蛋白交联;纯化DNA

第五步:送去测序。

Chip-seq的分析流程:

质量控制, 用到的是FastQC

序列比对, Bowtie2或这BWA

peak calling,此处用的MACS

peak注释, 这里用的Y叔的ChIPseeker