iTOL:快速绘制超高颜值的进化树!

purplesoul
紫色灵魂 04月02日 字数 1431

iTOL简介

大家在看高分文章时,总会惊叹于,为什么人家能做出那么好看而且高大上的系统发育树,而且好看的图也能直接提升文章的档次,冲击高分文章。人家的树不管是从配色还是各种注释信息都让人无可挑剔,而你每次花了半个月时间做的进化树不是被老板嫌弃配色丑,就是太单调,没有各种辅助的注释信息。然后你默默捧起别人的文章学习时发现他们绝大部分都是用iTOL这个在线工具来进行的系统发育树的美化的。

之前看有好几个公众号的几篇文章推送了教大家怎么使用iTOL这个网站:http://itol.embl.de/

例如:

宏基因组:教你用iTOL轻松绘制高颜值系统进化树

生信生信:微生物多样性研究之物种聚类树美化工具—iTOL

生信小王子:使用iTOL美化进化树

iTOL的基本使用流程:

搜索itol后进入如下界面,点右上角Login进入系统

新用户需要邮箱注册,老用户直接登录

点击进入My Tree,点击Upload tree files 或者直接把树文件拖入框中

点击树名称进入树的编辑界面,左上角依次是放大,缩小,还原当前窗口,树的信息以及搜索。右上角是Controls界面

Basic界面可以设计树的形式,枝长,单击分支可编辑颜色,线条样式,序列名称,在Tree structure中可设置外群等

在Advance中可以显示或隐藏支持率 7.在合并分支选项中可以设置合并分支的阈值

大家如果从来没有用过iTOL可以看看以上推文,它们会教你怎么快速入门iTOL网站。但是这些推文都只教你了怎么去注册iTOL的用户,怎么上传你的树文件等一些非常简单基本的操作,离真正让你自己快速绘制一个高颜值进化树距离还很远!这些文章都只介绍了软件在线网页的使用,但如何准备软件的数据确是绝大多数用户的难点。当你想绘制自己的进化树时,花了半个月搞出来的图依旧很丑。https://mp.weixin.qq.com/s/MaWTTTAvdweC99HB61D5Ew